Alors que le Nigeria s'efforçait de renforcer ses systèmes de soins de santé primaires, de nombreux États ont continué à faire face à des difficultés institutionnelles qui limitaient l'efficacité de la prestation des services. La faiblesse des mécanismes de gouvernance, la coordination fragmentée, le manque d'uniformité des pratiques de gestion et le manque de responsabilité ont souvent empêché les programmes de santé d'atteindre leur plein potentiel.

L'amélioration de ces systèmes ne se limitait pas à des solutions techniques : elle nécessitait également de renforcer les ressources humaines, les institutions et les structures de direction chargées de gérer la prestation des soins de santé.